1、未提取到质粒kDNA或质粒DNA产量低

可能的原因：培养基中未加入抗生素

建议解决方法：请确保固体、液体培养基中都加入了适当的抗生素，避免非质粒转化细胞过度生长。

可能的原因：细菌培养时间过长

建议解决方法：将接种过夜培养板的新鲜单菌落，加到含有合适抗生素的培养基中培养12-16小时，避免培养时间过长导致老化细菌裂解。

可能的原因：细菌培养时间过短

建议解决方法：细菌培养到[A600]吸光值为2~4小时才收集菌体，避免培养时间过短导致细菌浓度过低。

可能的原因：质粒拷贝数低

建议解决方法：建议使用高拷贝数质粒，地拷贝数质粒应该适当加大处理体积。

可能的原因：细菌细胞裂解不完全

建议解决方法：使用建议的菌体处理量处理菌体；涡旋或者吹打，确保菌体充分重悬于溶液P1中；确保加入了裂解液P2。

可能的原因：分光光度计定量不准确

建议解决方法：分光光度计进行产量定量结果常常偏高，可使用琼脂糖电泳/EB染色方法进行定量。

可能的原因：漂洗液WB中未加无水乙醇

建议解决方法：漂洗液WB中加入指定量无水乙醇，使质粒DNA吸附于硅胶基质膜上。

可能的原因：核酸酶含量及活性高

建议解决方法：使用去蛋白液PE去除核酸酶。

2、质粒DNA有缺口或者电泳上超螺旋带前出现变性质粒带

可能的原因：裂解步骤时间过长

建议解决方法：裂解时间不要超过5分钟。

3、质粒DNA纯度不高

可能的原因：混杂有基因组DNA污染

建议解决方法：做裂解操作时轻柔的颠倒混匀，不要涡旋或者剧烈震荡。

可能的原因：产物中含有RNA污染

建议解决方法：第一次实验前确保将RNase A加入了溶液P1；P1溶液超过3个月的，可加入一些新RNase A在溶液P1；处理量不要过量；菌体重悬于P1溶液后可放置几分钟让RNase A充分起作用后再继续实验。

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